ヨウスコウカワイルカは、約2万年前に太平洋から揚子江へ移動したことが、化石からわかっている。 前漢時代の辞典である『爾雅』にヨウスコウカワイルカに関する記述が残っており、それによると当時の棲息数は約5千頭である。
もともと揚子江のみの固有種で個体数が少なかったヨウスコウカワイルカは、近年の中国の経済発展で揚子江沿岸が開発されるに伴い、急速に数を減らし続けている。飼育がきわめて困難で繁殖が難しいことも、大きな足かせになっている。
棲息している個体数を見積もることは容易ではないが、目撃例は2004年9月以降絶えており、2006年12月に行われた大規模な調査でも1頭も確認することができず、現時点での棲息数はきわめて僅かであると考えられる。
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