鵜飼いでは、平底の小船の舳先でかがり火を焚き、光に集まってきたアユをウに飲ませる。ウののどには紐が巻かれており、ある大きさ以上のアユは完全に飲み込むことができなくなっており、鵜匠はそれを吐き出させて漁獲とする。紐の巻き加減によって漁獲するアユの大きさを決め、それより小さいアユはウの胃に入る。
鵜飼漁で獲れる魚には傷がつかず、ウの食道で一瞬にして気絶させるために鮮度が非常に良い。このため、鵜飼鮎は献上品として殊のほか珍重され、安土桃山時代以降は幕府および各地の大名によって鵜飼は保護されていった。
しかしながら、鵜飼は決して漁獲効率のよい漁法ではないため、明治維新後に大名等の後援を失った鵜飼は全国から次々と姿を消していき、現在は数えるまでにその規模を縮小している。
現在の鵜飼は、客が屋形船からその様子を見て楽しむというように、漁による直接的な生計の維持というよりはもっぱら観光事業として行われている。例えば、愛媛県大洲市の肱川で行われている鵜飼は、戦後の昭和32年に「大洲観光うかい」として始まったものである。しかしながら鵜飼は同時に、無形文化財の保護という大切な側面も併せ持っている。
もっとも有名な長良川の鵜飼は、宮内庁式部職である鵜匠によって行われている。鵜匠は岐阜市長良に6人、関市小瀬に3人おり、これらは全て世襲制である。長良川の鵜飼では、1人の鵜匠が一度に12羽もの鵜を操りながら漁を行う。
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