2007年、林道整備業務の受注を巡って、同機構側主導による常態的な談合疑惑が発覚、同年5月24日、東京地検特捜部は公正取引委員会の告発を受け、独禁法違反（不当な取引制限）容疑で同機構の理事及び受注法人の担当者ら6人を逮捕し、機構本部を強制捜査した。同日、理事長で自らも林野庁OBである前田直登は、給与の20%を3か月自主返納するが、辞任はしないとする考えを示した。
また、同機構から工事を受注する業者らが構成する特定森林地域協議会とその政治団体「特森懇話会」が、松岡利勝農林水産大臣（2007年当時）らに政治献金をしていたと指摘されている。
林野庁や同機構OBの再就職先（天下り）を受け入れた企業を優遇し、互いに利を得るシステムの解明が始められている。
